m6A中国科学家揭示细胞命运调控新机制PP电子(中国)网站直接RNA测序解锁
m6A阅读器的依赖性转变-▲▪▽-▲：在MKN28细胞中-☆☆•■◁，m6A阅读器YTHDF1的杂合性缺失导致调控依赖性转向YTHDF2▼☆；而在AGS细胞中△△，CXCL10 mRNA的稳定性通过YTHDF1介导的m6A位点识别维持□□■▪△▪。
针对现有m6A检测方法的局限性○…▼▽△●，团队开发了一种创新的计算框架pum6a=▪○，它采用了一种基于注意力的正向和非标记多实例学习策略■□▲☆•★，以提高从直接RNA-Seq数据中检测m6A位点的能力▲△。它具有很高的灵敏度和特异性■◇○=▷，尤其是在修饰频率较低的位点上◆□★■☆，并能适应广泛的RNA序列和生物条件△■●•○▷。不同于m6Anet聚合特定位点读数的特征●=▲●●，pum6a引入了一种关注机制■-◇，选择性地关注信息量最大的读数=▼◇，显著提高了信噪比◇☆=▲□◁。这一改进不仅提高了m6A位点识别的准确性▲-■▲☆，还扩大了该模型的适用范围○○○▲，使其能够检测其他RNA修饰=□•，成为表转录组学研究的多功能工具○▪●…◁▷。
外转录组修饰•★，尤其是N6-甲基腺苷（m6A）▽●•○•-，是基因表达的关键调控因子•◇●☆-，影响着RNA的稳定性▼▪△○◁●、剪接和翻译等过程……•…。从Nanopore直接RNA测序（DRS）数据中检测m6A的传统计算方法受限于对实验验证标签的依赖☆■…▲，往往会导致对修饰位点的低估•▷★◁。在这项研究中•◆★…，团队介绍了基于注意力的创新框架pum6a★-▲▲▽，它整合了正标签和非标签多实例学习 (MIL)…●◆▷，以解决标签不完整和缺失读码级注释的难题■△。
缺氧条件下的胃癌细胞研究▷○○…：pum6a揭示了m6A去甲基化酶在缺氧条件下的调控机制◁○▪△▼▲，强调了m6A调控网络的灵活性•★●。
细胞系特异性调控◇◆★▼■-：在AGS和MKN28细胞中□△▼▪▷▪，pum6a观察到m6A修饰转录本的不同调控PP电子(中国)官方网站◁□，特别是与CXCL10 mRNA稳定性相关的调控●▷○=。
pum6a不仅扩展了m6Anet的功能▼★■•▲▽，还通过整合电信号和碱基配对特征●□、使用加权-Noisy-OR方法处理不同读取覆盖率▷▼▼△、基于注意力的读取选择策略●-■，显著提高了检测的准确性和灵敏度▼■◇。
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增强型MIL框架□△：pum6a引入了结合电信号和碱基配对特征的增强型MIL框架==□■现状研究分析与发展前景预测棋牌调查研究报 3 全球市场桌游主要厂商竞争态势3▷●□.1 全球市场主要厂商桌游销量（2019●△▪▪、2020◁▪△△、2021和2022）3=●•▪.2 全球市场主要 更多 现状研究分析与发展前景预测棋牌调查研究报，能够更全面地捕捉修饰信号△□•-◆。
正向无标记学习□▲•●▷：解决了训练数据中m6A位点标记不完整的问题◁=…•，使其在标记不完整或有噪声的情况下也能有效识别m6A位点▷★。
2025年1月18日◆▽，中山大学药学院万国辉教授■…◇、中山大学附属第一医院胃肠外科何伟玲和中山大学口腔医学研究所王智教授团队在期刊《Nature Communications》上发表了题为□-…=“Decoding the m6A epitranscriptomic landscape for biotechnological applications using a direct RNA sequencing approach△○▷”的研究论文□●。这项研究揭示了FTO和ALKBH5在调控m6A修饰中的不同作用★-□，并揭示了m6A介导的转录本稳定性的关键信息=□□◇▷。研究结果凸显了pum6a作为一种强大工具的潜力▪□◆◁，可以促进人们对健康和疾病中表转录本组调控的了解▼••☆◇▪，为生物技术和治疗应用铺平道路◆•○。
基于注意力的特征聚合机制…□■-▲■：有选择性地关注信息量最大的读数…•，提高了信噪比和检测特异性★◁□▲☆•m6A中国科学家揭示细胞命运调控新机制，尤其适用于化学计量低的m6A位点PP电子(中国)官方网站…○▲•。
为了证实m6A阅读器参与了CXCL10的调控=▲，团队使用野生型和突变型CXCL10 3′UTR序列进行了荧光素酶报告实验▽☆▲★▷○。在AGS细胞中●▼★，在缺氧条件下敲除ALKBH5后•…，敲除YTHDF1会降低荧光素酶活性◁▲•▽★=，这表明在这种情况下YTHDF1是介导CXCL10调控的主要m6A阅读器•★。然而▷☆•◆○，在MKN28细胞中■△△○•，敲除YTHDF1只部分降低了荧光素酶活性◁□▲◁，这表明替代的m6A阅读器参与了CXCL10表达的调控●◁★▲=。同样◁★▪▲▽▷，YTHDF1敲除会降低FTO耗竭的AGS细胞的荧光素酶活性PP电子(中国)官方网站▷◁△△，而YTHDF2敲除会增加缺氧条件下MKN28细胞的荧光素酶活性◆○△◇★▼。这些结果强调了m6A阅读器在通过m6A修饰调控CXCL10 mRNA稳定性和翻译方面的关键作用■■▽▷，YTHDF1和YTHDF2的贡献因细胞环境而异=-▽▼▪▽。
直接RNA测序（DRS）技术-•-，如牛津纳米孔技术公司（ONT）开发的技术▲◆，使该领域发生了革命性的变化□■▲，它可以对原生RNA分子进行测序▷●■，而无需事先转换为cDNA▼▷□•★，从而保留了m6A等RNA修饰▽•□▲☆。深度学习和多实例学习（MIL）框架（如m6Anet32）的引入标志着一个实质性的飞跃▪▲○。m6Anet在聚合单个读数之前先学习它们的高维表示•★◆，从而大大提高了不同生物背景下m6A位点的预测准确性△…。
加权-Noisy-OR概率转换●◇□：提高了检测灵敏度●●，尤其是在低读取覆盖位点•▲△。
